Le Service exploitation fonctionne en régie directe et est assuré par 10 agents répartis sur 3 secteurs d'exploitation :

 Secteur de Mauléon - Nueil-Les-Aubiers : locaux d'exploitation situés à la station d'épuration de Mauléon et à Nueil-Les-Aubiers.

 Secteur de Cerizay - Moncoutant : local d'exploitation situé à la station d'épuration de Cerizay  

Secteur d'Argenton-St-Varent : local d'exploitation situé à la station d'épuration d'Argenton l'Eglise.